Weinig of slecht schoongemaakte mechanische filtermaterialen kunnen al snel gevaarlijke vuilconcentraties opleveren die de in de biologisch-chemische filterdelen zo zeer nodige zuurstof verbruiken en de werking daarvan verminderen of volledig lamleggen. De gifstoffen die dan ontstaan, zijn voor de filterbacteriën én voor de vissen levensgevaarlijk.
In een goed functionerend filter ontstaat een lichtbruin tot roodachtig laagje vuil dat naar grond ruikt en een vlokkige structuur heeft. U moet zich aanwennen, afhankelijk van de hoeveelheid voer die dagelijks wordt gegeven, het mechanische filterdeel regelmatig tot vaak te reinigen. Verstoppingen moeten worden voorkomen.
Vroeger noemde men biologisch-chemische filters zeer terecht langzame filters'. En inderdaad werken ook de bacteriën in een koifilter dan het beste als het water niet als een wilde bergbeek aan hen voorbij stroomt. Handige knutselaars kunnen de werking van de biologisch chemische filterdelen aanzienlijk verbeteren als het ze lukt, vanaf het mechanische filterdeel al weer een deel van het water naar de vijver terug te leiden. Een tweede mogelijkheid om het biologisch-chemische filtereffect te optimaliseren, berust op het verbinden van de vijver met een beplante oeverzone of door een deel van het reeds gefiltreerde water via een eveneens beplante filterbak naar de vijver terug te leiden.
Beide methoden verhogen niet alleen de reinigende werking, maar dragen ook tegelijkertijd aan een extra zuurstofverrijking van het water bij.
Ca. twintig jaar geleden installeerde de Amerikaanse ruimtevaartorganisatie NASA in het Californische Baton Rouge net zulke simpele filterbekkens achter gemeentelijke zuiveringsinstallaties. Ze wonnen er talrijke milieuprijzen mee, omdat de gebruikte grassen zelfs giftige zware metalen uit het water haalden en in hun halmen ‘opsloegen'. Die werden regelmatig afgemaaid en verbrand.